Dalam rangka upaya pemerintah dalam mendekatkan pelayanan kepegawaian kepada masyarakat serta sebagai langkah tindak lanjut perubahan paradigma pemerintahan dari sentralisasi ke desentralisasi, maka dibentuklah Kantor Regional IX BKN Jayapura. Terbentuknya Kantor Regional IX BKN Jayapura ini tertuang dalam Keputusan Kepala Badan Kepegawaian Negara Nomor 59/KEP/2001 tanggal 27 Agustus 2001. Lewat Surat Keputusan Kepala Badan Kepegawaian Negera tersebut ditetapkan struktur organisasi dan tata kerja Kantor Regional Badan Kepegawaian Negara IX Jayapura.

Peresmian Kantor Regional IX BKN Jayapura ditandai dengan pelantikan Kepala Kantor Regional IX BKN Jayapura yang pertama oleh Gubernur Provinsi Papua pada tanggal 14 Nopember 2001, berdasarkan Keputusan Kepala Badan Kepegawaian Negara No. 69/KEP/2001 Tanggal 22 Oktober 2001. Pada tanggal 24 Juni 2008, jabatan Kepala Kantor Regional IX BKN Jayapura diserahterimahkan dari pejabat lama Karel Urbinas, Bc, Ak, SE, M.Si yang memasuki masa purna bakti kepada Drs. Nataniel Dominggus Mandacan, M.Si dan dilantik Gubernur Papua berdasarkan Surat Keputusan Kepala BKN Nomor 65/KEP/2008 tanggal 28 April 2008.